三级甲等医院指的综合性医院，三级专科医院指的是医疗的某个方面某个科较突出，是综合性医院的一部分。
综合性医院分三级，一级最低，三级最高;每一个级别中又分甲乙丙三个档次，所以理论上三级甲等就是最高级别的医院了。但是这是综合医院。而专科医院指的是在某方面非常突出但只做某一个医学分科的医院，医学分很多科室，如内科，外科等，而内科、外科又可以分成更细的科室，如外科有骨科、普外、胸外，颅外，泌尿外科等多种，专科医院就是只做这些分科中的专一一个科室的疾病。
三级甲等医院评定时除了看床位多少等指标外，也会看科室是否齐全。综合性医院当然什么科都有，而专科医院就不一定了，例如全世界最牛的儿童医院也不太可能专门设一个乳腺外科对吧？所以专科医院只定级而不分甲乙丙档次。
三级甲等指的是医院的登记，三级专科，具体的某个科室级别。
