皮肤和肺部进行呼吸，金枪鱼生活在深海里，在深海的鱼类都要使用皮肤和肺部进行呼吸，因为皮肤可以进行有效的气体交换，吸收大量的氧气
金枪鱼属于鱼类，鱼类生活在水中，用鳃呼吸，鳃是由鳃丝、鳃弓和鳃耙组成的，主要的结构是鳃丝，内有大量的毛细血管，当水由口进入流经鳃然后经鳃盖后缘流出，水流经鳃丝时，水中的溶解氧进入鳃丝的毛细血管中，而二氧化碳由鳃丝排放到水中。
金枪鱼属于硬骨鱼类，它们有着自己庞大的鳃盖，所以它像其他硬骨鱼类一样，都是靠腔抽吸式呼吸的
这是因为金枪鱼与其他的硬骨鱼类的腔抽吸式还不一样，金枪鱼相比较其他硬骨鱼类缺少一个关键的器官-鳃肌，这是控制自己抽吸的一个重要肌肉群，缺失了这个肌肉群后，金枪鱼不得不像鲨鱼那样长着大嘴，让水流自己撞进口腔，进而流经鱼鳃。正是因为这样，金枪鱼才必须要鲨鱼那样不停地游动，这样水流才能撞进去，完成呼吸，也就是金枪鱼有着其他硬骨鱼类一样的鱼鳃，但却不能像它们那样靠腔抽吸式呼吸，只能像鲨鱼那样呼吸，所以，金枪鱼从生下来开始就要不停的游动，不然就会窒息。
