不相同。
转运蛋白：转运蛋白是膜蛋白的一大类，介导生物膜内外的化学物质以及信号交换。脂质双分子层在细胞或细胞器周围形成了一道疏水屏障， 将其与周围环境隔绝起来。尽管有一些小分子可以直接渗透通过膜，但是大部分的亲水性化合物，如糖，氨基酸，离子，药物等等，都需要特异的转运蛋白的帮助来通过疏水屏障。因此，转运蛋白在营养物质摄取，代谢产物释放以及信号转导等广泛的细胞活动中起着重要的作用。
载体蛋白：载体蛋白是多回旋折叠的跨膜蛋白质，它与被传递的分子特异结合使其越过质膜。其机制是载体蛋白分子的构象可逆地变化，与被转运分子的亲和力随之改变而将分子传递过去。
性质不同：1、膜转运蛋白：或是大的跨膜分子复合物，一种不同的运输蛋白机制。2、载体蛋白：多回旋折叠的跨膜蛋白质，它与被传递的分子特异结合使其越过质膜。
机制不同
1、膜转运蛋白：参与被动运输(促进扩散)或主动运输(运输泵)。参与促进扩散的膜运输蛋白虽然没有酶活性，但是具有酶催化的特点。
2、载体蛋白：载体蛋白分子的构象可逆地变化，与被转运分子的亲和力随之改变而将分子传递过去。
