区别主要在于:芦根是芦苇的根茎,而芦竹根则是芦竹的根茎,芦竹杆要比芦苇高和粗,芦竹的杆上部有分枝,而芦苇没有,芦竹和芦苇性寒;芦竹四季都可以采摘。
从形态上来看芦竹根的形态大多不规则,它的外皮是黄色的,而芦根的切面是黄白色。