1、分类：器械使用完毕立即进行分类，尽量不要直接用手进行分类;锐利物品放在防刺容器内进行运输;污物要保持湿润防止干燥，如不能在1～2h之内及时清洗，须将物品浸于冷水或含酶液体中。
2、浸泡：浸泡可防止污物变干和软化或去除污物；对于有大量有机物污染或污染物已干可先用酶清洁剂浸泡应>2min。
3、清洗：分手工清洗和机械清洗，具体清洗方法见清洗与去污方法。对于严重污染有机物的器械初步处理步骤包括清洁剂浸泡、冲洗(刷洗)，再采用实验室洗瓶机清洗方法清洗。对于复杂器械的清洗方法包括冲洗、清洁剂浸泡、冲洗(刷洗)，再采用机械清洗方法清洗。
4、漂洗：手工清洗完毕可用自来水漂洗，接着用去离子水漂洗。机械清洗用去离子水洗。
5、器械清洗后的消毒：使用热力清洗消毒机进行清洗消毒，其消毒的温度：中、低危险性物品与器械的温度为>90℃1min或A0>600；高危险性的物品与器械的温度为>90℃5min或A0>3000。未使用热力清洗消毒机的器械、物品，清洗后采用物理(湿热)消毒方法进行消毒。不适用于热力消毒和机械清洗消毒方法的器械，应采用去离子水或蒸馏水进行清洗和擦拭，提高洁净度。也可擦拭器械，以达到消毒标准。器械消毒过程中可以在去离子水、蒸馏水中添加专用水溶性器械润滑剂。不能使用石蜡油等非水溶性油类溶剂进行器械保养和润滑。
6、干燥：漂洗完毕后，应尽快将湿的物品擦干或烘干。可使用烘干箱进行器械干燥处理。干燥温度70～90℃。一般金属器械干燥时间15～20min，塑胶类器械干燥时间较长，如管路等，30～40min。不适用于高温干燥的器械如内镜等，可用清洁纱布擦拭干燥或擦拭干燥，管腔类器械应使用气压进行干燥处理，各类器械禁止使用放置在空气中的自然干燥方法。
