1、定义不同。本科教育，高等教育的中级层次。属联合国教科文组织《国际教育标准分类》的第三级第一阶段（授予大学第一级学位或同等学历证书）教育。而应用型本科指以应用型为办学定位，而不是以科研为办学定位的本科院校。应用型本科教育对于满足中国经济社会发展，对高层次应用型人才需要以及推进中国高等教育大众化进程起到了积极的促进作用。
2、包含范围不同本科在我国普通高考当中，本科录取分为本科一批（一本）、本科二批（二本）和本科三批（三本）。应用型本科一般包括所有的本科第一批、本科第二批录取院校。
3、招收对象不同。本科教育主要招收高中毕业生，学制依据不同专业，一般为4～5年；少量招收专科毕业生，一般要通过专升本考试，学制2年。
应用类本科与普通本科最大区别是，应用类本科重视实用，在专业技术的操作上下功夫，毕业后的学生动手能力比较强；而普通本科在基础理论知识方面学习比较重视，对学科的理论研究上多一点，毕业后去报考研究生，进一步进行理论研究比较实用。
