EVA的最终结局是:通过零波和丽丽斯的融合最终完成了人类补完计划,全世界的人类除了待在EVA里的真嗣和明日香以外全都变成了液体,不过在变成液体前都见到了自己最喜欢的人的幻像.而活下来的真嗣和明日香成为了新的亚当和夏娃故事的收尾就在最后的使徒渚熏被打倒时，也宣告着SEELE和碇元度变成完全的敌对关系．双方开始争夺生命之树，而SEELE也决心不惜一切代价消灭碇元度所掌握的驾驶员．不过在美里的努力下，SEELE想要阻止真治搭乘初号机的计划没有实现．当真治所在的EVA初号机再生命之树的十字架上被隆基努斯之枪处刑时，初号机上的真治也作为神之子到达了生命之树，获得生命之果和智慧之果之后的真治，成为了神一般的存在，拥有可以决定人类未来的力量．但是，绫波丽（圣灵）由于碇真治（圣子）的恐怖与孤独的呼喊而成为了母神（LILITH），拒绝了同父亲元度（圣父）的融合，以全部生命回到母体的方式，让元度的计划破产．活下来的真嗣和明日香成为了新的亚当和夏娃,明日香欠缺的母性也得到了补完，这就是EVA的完美结局．
