余姚历史见于文献记载从虞舜开始，先后有“舜耕历山”、“禹藏秘图”之说。春秋时期余姚属越国，战国中期余姚成为楚国辖地。余姚得名，说法不一：一、舜后支庶所封之地，舜姓姚，故“余姚”(见《元和郡县图志》、《史记正义》)；二、夏少康封少子无余于会稽，以奉禹记，姚乃其属邑，故云余姚（见明万历《绍兴府志》、《余姚县志》)；三、“考余姚帝舜所生之地，故其江曰姚江，南有句余山、合山水之名为余姚”(见康熙新修余姚县志，乾隆《余姚县志》，黄宗羲《孟子师说·舜生诸冯章》和《四明山志》；四、“余姚”古越语。(见清李慈铭《越谩堂日记》)。“余”即“盐”，越人谓盐曰余(见《越绝书》)，又临姚江，故称余姚。
秦时置余姚县（一说汉建），属会稽郡。东汉建安五年（公元200年）始筑县城，为浙东古县城之一。
据《太平寰宇记》所载：唐初“余姚之境东包明州，西辖上虞，为越州巨镇”，一度升为姚州（唐武德四年（公元621年）置姚州）。
宋为“望县”，“东南最名邑”。元贞元年（公元1295年）改为余姚州。
明洪武二年（公元1369年）废州复县。1911年11月8日（清宣统三年九月十八日）余姚光复。
1949年5月23日余姚解放，1949年后，境域多次变动，最大一次是1954年，大古塘以北棉区划归慈溪县，慈溪县西部稻区、山区划归余姚县。
1985年7月26日撤县设市，设9区、8个镇、63个乡。
2006年1月1日，原东北街道更名为凤山街道，西北街道更名为阳明街道，东南街道更名为梨洲街道，西南街道更名为兰江街道。
2012年，辖阳明、凤山、梨洲、兰江、低塘、朗霞6个街道，黄家埠、临山、泗门、小曹娥、牟山、马渚、丈亭、三七市、河姆渡、陆埠、大隐、梁弄、大岚、四明山14个镇和鹿亭乡，隶属宁波市代管。
