1、成分不同

玉石和玛瑙的成分是不同的，玉石的主要成分是含水的钙镁硅酸盐，有的还含有一些透闪石、方解石等，而玛瑙的主要成分是二氧化硅，也是石英矿物中的一种。
2、颜色不同

它们的颜色也是不同的，玉的颜色丰富多样化，常见的有白色、青色、绿色、墨色、灰色、黄色、紫色等，其中以纯正的绿色和白色为上品，而玛瑙的颜色单一很多，一般是以红色为上品。
3、光泽不同

此外两者的光泽也是不同的，玛瑙的表面一般是以柔和的油脂光泽为主，而玉石的光泽度比较高一点，主要是以玻璃光泽居多，也有少数呈油脂光泽，看起来比较刚硬一点。
4、质地不同

同时玉石和玛瑙的质地也是不一样的，玛瑙属于一种隐晶质矿石，表面有明显的磨砂感，透明度高，普遍高于大部分的玉石，而玉石的表面要稍微光滑一些，触摸后的手感细腻。
5、价格不同

玉石的价格一般要普遍高于玛瑙，尤其是翡翠和和田玉，具有悠久的历史文化底蕴，且品质优异，具有极高的收藏价值，而玛瑙主要是以观赏性的价值为主，在这一点上要差很多。
6、纹理不同

同时两者的纹理也是不同的，玉石的表面上常有一些不均匀的瑕疵，很少会有纹理，而玛瑙是天然形成的矿石，表面上常有一些带状线花纹，看起来比较明亮。
