是的，陈巴尔虎旗和新巴尔虎旗是内蒙古自治区呼伦贝尔市下辖的两个旗县，有一定的区别。
首先，陈巴尔虎旗是内蒙古自治区第一旗，成立时间较早，原为清朝时期设立的“陈巴尔虎左翼中旗”和“陈巴尔虎右翼后旗”合并而成，其地理位置位于呼伦贝尔市西南部。而新巴尔虎旗则成立于1979年，是在陈巴尔虎旗南部设立的，相对较新。
其次，陈巴尔虎旗是典型的草原地区，境内主要以草原、湖泊和河流为主，是养殖业发达的地区，以畜牧业为主要经济支柱。新巴尔虎旗则地形复杂，旗境有高山、河谷和湖泊，旗内以野生动物资源和矿产资源为主。
再次，陈巴尔虎旗是蒙古族、汉族等多个民族聚居的地区，民族文化特色较为突出，有丰富的民俗风情。新巴尔虎旗以汉族为主要居民，族群文化相对单一。
总的来说，虽然陈巴尔虎旗和新巴尔虎旗接壤且地理位置相近，但在地理特征、经济产业和民族文化方面存在一定的差异。
