仓鼠死后最好的处理方法就是进行火化，经济条件允许的情况下，主人还可以考虑在墓园中安葬自己的仓鼠，毕竟谁也舍不得陪伴了自己多年的仓鼠就这样永远离去。
在仓鼠死后，主人也可以将它们的遗体埋在树下，这是最经济、环保的方式，但可能会传播细菌、病毒。因此，如果要将仓鼠土葬，就需要将坑挖深一点，绝不可草率行事。
对仓鼠感情深厚的主人，在爱宠离去后过分悲痛，这时可以将仓鼠制作成标本，常伴身旁。但这种方式打破了“入土为安”的常规模式，容易被人接受。
因为疾病死亡的仓鼠，尸体中可能会含有较多细菌、病毒，不方便火化的情况下可以捐赠给宠物医院进行处理。
