1、滇池：位于昆明市区南部，被誉为“高原明珠”，是中国西南地区最大湖泊、中国第六大淡水湖。湖泊面积311.388k㎡，流域面积2920k㎡，平均水深5.12m，最深处为11.3m，蓄水量为15.931亿m3。海拔1887m，湖岸线长约200km。
2、洱海：是云南省第二大高原湖泊，位于大理市区北部，湖泊面积252.91k㎡，流域面积2565k㎡，平均水深10.8m，最大水深21.5m，湖面海拔1966m，蓄水量28.8亿m3，多年平均水资源量8.25亿m3。
3、抚仙湖：是中国第二深水湖泊，是云南省蓄水量最大的湖泊，位于玉溪市澄江县、江川县、华宁县三县交界处。湖面海拔1722.5m，面积216.6k㎡，流域面积674.69k㎡，最大水深158.9m，平均水深92.5m，蓄水量189.3亿立方米。
4、程海：是一个内陆封闭型高原深水湖泊，没有出流，位于永胜县西南部，流域面积318.3k㎡，湖泊面积77.2k㎡，平均水深25.9m，最大水深36.7m，蓄水量19.87亿m3，湖岸线长45.1km。
5、泸沽湖：位于云南省西北部和四川省西南部的两省交界处，是中国第三大深水湖泊。湖面面积50.8k㎡，其中云南境内30.3k㎡。
6、杞麓湖：是一个封闭型高原湖泊，湖泊面积35.9平方公里，流域面积354.2平方公里，最大水深6.8米，平均水深4米，蓄水量1.7亿立方米。
7、星云湖：是抚仙湖的上游湖泊，通过2.2公里的隔河与抚仙湖相联。湖泊面积34.7平方公里，流域面积386平方公里，平均水深5.91米，最大水深9.5米，蓄水量1.84亿立方米。
8、阳宗海：湖泊面积31.9平方公里，平均水深20米，最大水深29.7米，流域面积192 平方公里，蓄水量6.04亿立方米，多年平均水资源量3500万立方米。
9、异龙湖：位于石屏县东南部，湖泊面积92k㎡，流域面积360.4k㎡，平均水深约5m，最大水深6.55m，蓄水量1.145亿。异龙湖流域主要包括石屏县的5个乡镇。
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