一、决定因素不同：
1、对于一个既定的投资项目来说，其全部投资内部收益率完全由项目的净现金流所确定，与资本结构无关，可视为定值。
2、而自有资金内部收益率则完全取决于贷款比例和贷款利率。贷款比例越大，贷款利率越低，则自有资金内部收益率越高，相应地自有资金所承担的风险也越高;随着贷款比例的降低，自有资金内部收益率也会降低，但承担的风险也随之降低。需要说明的是，贷款比例也有上限制约，金融部门会根据项目的风险程度及盈利能力，对项目自有资金占总投资的比重，在贷款时也会提出最低要求。
二、涵盖不同：
全部投资内部收益率是对全部资金可望达到的报酬率，自有资金内部收益率只是全部资金中属于自有的那部分资金预期达到的报酬率。
资本金内部收益率，仅资本金部分计算时间价值，而银行贷款或其他融资及产生的利息计入成本。而全投资内部收益率，所有投资金额都计算时间价值。
