菌种保藏方法大致可分为以下六种：
1.传代培养保藏法
又有斜面培养、穿刺培养、疱肉培养基培养等（后者作保藏厌氧细菌用），培养后于4—6℃冰箱内保存。
2.液体石蜡覆盖保藏法
是传代培养的变相方法，能够适当延长保藏时间，它是在斜面培养物和穿刺培养物上面覆盖灭菌的液体石蜡，
一方面可防止因培养基水分蒸发而引起菌种死亡，另一方面可阻止氧气进入，以减弱代谢作用。
3.载体保藏法
是将微生物吸附在适当的载体，如土壤、沙子、硅胶、滤纸上，而后进行干燥的保藏法，例如沙土保藏法和滤
纸保藏法应用相当广泛。
4.寄主保藏法
用于目前尚不能在人工培养基上生长的微生物，如病毒、立克次氏体、螺旋体等，它们必须在生活的动物、昆虫、鸡胚内感染并传代，此法相当于一般微生物的传代培养保藏法。病毒等微生物亦可用其他方法如液氮保藏法与冷冻干燥保藏法进行保藏。
5.冷冻保藏法
可分低温冰箱（-20—-30℃，-50—-80℃）、干冰酒精快速冻结（约-70℃）和液氮（-196℃）等保藏法。
6.冷冻干燥保藏法
先使微生物在极低温度（-70℃左右）下快速冷冻，然后在减压下利用升华现象除去水分（真空干燥）。
一个是清水浸泡：首先将菌类洗净，放入容器中，然后倒清水淹没菌，这个方法只适合短期存放，但不能采用铁质容器，以免某些菌类变黑。
第二种方法是盐水浸泡，首先将菌类根部的杂物切除，再放入1%的盐水中浸泡10-15分钟，捞出后沥干水分，装入塑料袋中，这样的方法可以储存一个星期左右。
