南通大学与扬州大学相比，扬州大学更好。扬州大学学科建设更丰富、院系设置更多、师资力量更雄厚。但是南通大学最好的学院是医学院。南通大学医学院拥有基础医学、临床医学2个博士后流动站，基础医学、临床医学2个一级学科博士点，临床医学、神经科学与行为学、药理学与毒理学等3个学科进入ESI学科全球排名前1%。可以说，南通大学医学院的实力还是很强势的。
而扬州大学最好的学院是农学院和兽医学院，同时在扬大文汇路校区还有专门的扬州大学动物医院。扬大的综合排名前列的很大一部分贡献来自于农学院和兽医学院的科研成果，但近些年的招生情况却不理想。计算机、人工智能的快速发展，很多高分考生都去报考互联网相关的电子信息专业，因此农学、兽医相关的专业近年来的生源情况一直不是很理想。
综合而看扬大还是强一点
一、南通大学全国排名，比扬州大学后102位。
二、南通大学，是江苏省人民政府和国家交通运输部共建的综合性大学，江苏省十五所重点建设大学成员，教育部“卓越医生教育培养计划”、“卓越教师培养计划”试点高校。
南通大学优势学科和重点学科
1、省高校优势学科（2个）：
基础医学、新能源及其装备
2、省一级学科重点学科（6个）：
基础医学、信息与通信工程、临床医学、中国语言文学、特种医学、美术学
3、省重点学科（6个）：
中国古代文学、通信与信息系统、航空、航天与航海医学、内科学、外科学
4、省重点建设学科（3个）：
机械设计及理论、控制理论与控制工程、眼科学
5、省医学重点学科（3个）：
手外科、眼科学、实验诊断学
6、国家特色专业建设点（5个）：
临床医学、电气工程及其自动化、英语、汉语言文学、预防医学
7、省级品牌专业（6个）：
汉语言文学、电气工程及其自动化、临床医学、自动化、预防医学、生物科学
8、省级特色专业（14个）：
机械工程及自动化、自动化、体育教育、英语、生物科学、预防医学、电子信息工程、医学影像学、思想政治教育、历史学、计算机科学与技术、教育学、物理学、通信工程
三、扬州大学，是江苏省人民政府同教育部共建的江苏省属重点综合性大学，国家首批卓越农林人才教育培养计划改革试点高校，江苏省综合改革试点高校。
扬州大学优势专业和重点学科：
1、国家重点学科（2个）:
作物栽培与耕种学、预防兽医学
2、国家重点培育学科:
动物遗传育种与繁殖
3、国家级特色专业:
动物医学、农学、化学、数学与应用数学、水利水电工程、汉语言文学。
