东北河泥鳅在冬季一般会钻入泥土中15厘米深处越冬。由于其体表可分泌粘液,使体表及周围保持湿润,即使1个月不下雨也不会死亡。
泥鳅在越冬前和许多需要越冬的水生动物一样,会积累营养和能量准备越冬。当水温降至10℃左右时,泥鳅就会进入冬眠期。