1、慈禧与光绪关系破裂
1898年戊戌变法，慈禧听闻光绪打算包围颐和园甚至要杀自己，其实根本不是那回事，光绪没有那么狠心。这主要是谭嗣同的主意。从此以后，关系破裂，无法愈合。
慈禧在戊戌政变前夕放风说光绪大病，为废帝做铺垫，那个时候也起了杀心。
2、慈禧恨洋人，而洋人却支持光绪。
戊戌政变后，慈禧立了溥俊为大阿哥（即太子），就是准备谋害光绪了。但因为八国联军侵华，最后告吹。
洋人比较喜欢开明的光绪帝。洋人不止一次公开声明，只承认光绪帝是清国的统治者。说慈禧一直干政。慈禧最恨别人说她干政。因此也进一步讨厌光绪。
所以慈禧利用义和团对抗洋人，因为义和团也是讨厌光绪的，他们称光绪为二毛子（即假洋鬼子）。
但八国联军侵华以后，慈禧出逃，后来八国代表要求法办慈禧。洋人将慈禧视为义和团之乱的祸首。但因为李鸿章的斡旋才没有追究。
而慈禧也认识到溥俊不成气候，洋人又认可光绪，所以继续让光绪当傀儡。
3、慈禧原本就心狠手辣
现在很多人喜欢美化慈禧，试图彰显其人性的一面。
但慈禧的狠毒很多地方都可以证明，
比如太监和她下棋，不小心说了一句“奴才杀老祖宗的马”，就被砍头了。
还有推珍妃下井，有民国老太监和宫女的回忆，版本大同小异，都是慈禧训斥珍妃，珍妃求情，但慈禧命太监投其下井。
另外她出逃北京以后，居然不顾同治帝三个妃子的死活，把她们留在皇宫。
4、慈禧知道自己大限将近，光绪已经没有利用价值
光绪经过慈禧的打压，锐气已经被磨光，且洋人又比较认可他，是傀儡的不二人选。
但是1908年慈禧身体每况愈下，一直腹泻不止，慈禧认识到自己可能不久于人世。这个时候光绪已经没有利用价值。
而光绪心里肯定对慈禧也诸不满（十年囚禁、生活上被苛待、杀自己爱妃），希望她早死。那么慈禧就不愿意让自己的死亡成为别人的乐事。特别如果光绪掌权，自己的后事可能都草草了事，甚至被定一些罪名。
另外就是慈禧知道当时局势复杂，大清江山风雨飘摇，自己的心腹荣禄也死了。慈禧怕光绪搞出乱子，所以提前毒死他，好安排继承人。
可惜她没有料到3年以后大清就灭亡了。
如果光绪帝搞君主立宪可能都没那么快。
慈禧太后想继续垂帘听政，贪图享乐，玩弄权术。光绪一心想亲政，威胁到慈禧的地位了。
