众多野生动植物可以在马衔山寻到踪迹，动植物品种繁多，马衔山不仅博大广袤、深远、雄宏、独特，而且是一处庞大的野生动物园。
除了鹿、鸢、兔、狐，还有可取麝香的马麝。
近年来，这里还建起了马麝养殖场，人工驯养它们，马衔山的马麝家族日渐昌盛。
马衔山除了青海云杉、刺柏、中麻黄、山杨、甘肃小叶柳、山生柳、由毛柳、川滇柳、胡桃、白桦等植物外，还是一个中药大宝库，野生药材非常多，尤其是党参，质量极佳，医药界特冠以“马党参”来标其优异。
它不仅风景优美，更多的是它给人们带来了一定经济收益，在山上，有人们长期放养的牦牛，这极大的提高了周边地区人民的生活水平和质量，夏天，人们可以在山上采摘野菜，冬天，人们可以在山上放养牦牛，建立积极生态的农业体系，有效利用土地资源，做到既不浪费，又不伤害！
