1、攻击模式不同：火影忍者究极风暴2的电脑版操作：H键攻击/退出、J键跳跃/确定、K键积攒查克拉【先按K然后快按H必杀，按两下H大必杀】、Y键替身/选择替身物品【有3次替身，查克拉下方有表】，而1部的操作要简单一些，每部游戏会根据剧情推进设计合适的模式。
2、角色不同：究极风暴1讲述了鸣人从中忍考试到跟随自来也修行的剧情。其中包括中忍考试、对抗我爱罗砂之守鹤、纲手&自来也VS大蛇丸、鸣人佐助瀑布决战等精彩剧情，而其他几部出现的人物各有不同。
3、时间不同：火影忍者究极风暴1、2、3、4的剧情是连着的，第1部结束在终末之谷，第2部是结束在第3次忍界大战，第3部结束在第4次，第4部结束在博人传。
