光合细菌在水产养殖中的作用原理及主要功能表现如下： 光合细菌泼到水池以后，利用光能，吸收CO2，氨态氮，硫化氢或有机物大量繁殖，从而体现出它在水产养殖中的作用。
1、净化水质、增加溶氧、提高养殖密度。 在环保领域，用光合细菌进行污水净化，具有有机物负荷高、处理效率高、投资小、操作简便、易管理、受季节影响小等优点。污水中COD去除率一般在90%以上。当前高密度水产养殖的水体中含有大量的鱼类粪便和残饵，以及鱼药残留物，使微生物大量繁殖，消耗水中大量氧气，很容易在水体底部形成无氧环境，致使硫酸盐还原菌大量繁殖，产生有毒害作用的硫化氢，酸性物质等。而光合细菌正好适合在这种环境中生长，它能够有效地将氨态氮，硫化氢等有害物质吸收组成菌体本身，从而提高水体中溶有氧含量，调节PH，抑制其它病原菌的生长，并降低水体中的氨氮，亚硝酸态氨，硝酸态氮含量，有益于藻类、微生物数量的增加。大幅度降低水域中COD、BOD等污染指标，抑制蓝藻等有害藻类的过度繁殖，达到改善水质的目的，进而为水生生物(包括鱼类)创造良好的生态环境。科学地使用光合细菌，能有效地预防浮头、泛池，并可减少换水置和提高20%-80%的养殖密度。
2、营养丰富，增重促长、缩短养殖周期。 研究表明，光合细菌的菌体无毒，营养丰富，蛋白质含量高达64.1%-66%，脂肪7.18%，粗纤维2.78%，碳水化合物23.0%，灰分4.28%，每克干菌体相当于21KJ热量。不仅蛋白质丰富，而且氨基酸组成齐全，是水体中枝角类和轮虫等饵料生物最适宜的饵料之一。因此，光合细菌可直接或间接用作鱼、虾蟹类育苗中的初期饵料光合细菌含有多种鱼类所需的营养成份，还含有一些生理活性因子，可促进蛋白酶活性、有效地促进动物肠胃对营养成份的吸收。科学使用光合细菌，鱼类可增重20%以上，大大缩短养殖周期。
3、增强免疫，防治病害，提高鱼类成活率。 一方面，光合细菌富含生物素，如维生素B12和辅酶Q10具有多种生理功能，可明显提高人和动物的免疫能力。光合细菌中的促免疫因子可使动物免疫球蛋白数量大幅度提高(可提高10倍以上)，强化其免疫功能提高抗病能力，减少疾病感染和蔓延机会例如虾烂尾、鲤鱼烂鳃病等。，大幅度提高成活率。另一方面，光合细菌是对鱼类有益的细菌，由于它的大量繁殖，使有益菌占优势，成为优势种群，抑制其他危害鱼类健康的有害菌的繁殖。因而若长期坚持使用，可大大减少鱼类细菌性疾病的发生，可不再施用其他抗菌性化学药物(如石灰、漂白物等)。外用内服都可对防治肠炎病、赤皮病、烂锶病、打印病、水霉病等有良好效果。网箱养鱼一般都采用拌饵内服。施用光合细菌的池塘,其放线菌/细菌的比例会明显增大,推测其原因认为是由于光合细菌促进了放线菌的生长,而放线菌抑制了病菌的活动,从而达到防病的目的,光合细菌在水中繁殖时,能释放出一种具有抗病性的酵素―胰凝乳蛋白分解酶,该酶能防止疾病的发生.由于光合细菌分泌大量的叶酸,长期使用光合细菌也可避免鱼类贫血症的发生. 用光合细菌预防鱼病,完成右克服消毒杀菌剂的缺点,它不仅可降解或清除水体中包括鱼药在内的有害化学物质,占绝对优势的光合细菌还可与病原微生物争夺营养、空间、使其无法形成致病的环境条件，不会对水体及养殖对象造成污染和伤害，在无公害水产养殖中具有极大的实用价值。
4、降低成本，节约饲料，多重效益并存。 光合细菌营养丰富，能均衡饲料中的各种营养成份，提高饲料的利用率，并可部分代替饲料，降低饵料系数15%以上。另外，水体中的浮游生物以光合细菌为食，光合细菌的大量繁殖，促进了浮游生物的大量繁殖，从而给水花鱼苗以及花鲢、白鲢提供了丰富的饵料，促进其迅速生长。也就是说光合细菌促进了有机肥向浮游动物进而向鱼的生长方面的转化，从而使养殖综合成本大大降低。实践中，在饲料中添加少量光合细菌，还可以提高鱼类生殖率和抗病力。改善养殖对象的色泽。 作为饵料系数添加剂的添加量按投饵料重的1%--5%添加。从试验结果看，试验组比照平均增重10%--40%,成活率也提高20%以上。
