蝙蝠类动物全世界共有900多种，我国约有81种，是哺乳类中仅次于啮齿目的第二大类群。
它们可以大体上分成大蝙蝠和小蝙蝠两大类，大蝙蝠类分布于东半球热带和亚热带地区，体形较大，身体结构也较原始，包括狐蝠科1科。小蝙蝠类分布于东、西半球的热带、温带地区，体型较小，身体结构更为特化，包括菊头蝠科、蹄蝠科、叶口蝠科、吸血蝠科、蝙蝠科等十余科。
翼手目Chiroptera 翼手目Chiroptera即各种蝙蝠，是唯一真正会飞行的哺乳动物。翼手目是哺乳动物的第二大目，现存接近千种，并不断有新种被发现，已知全部种类都会飞行，分布几乎遍及两极以外的世界各地，而以热带地区最为丰富。
翼手目的历史悠久，在始新世的化石已经和现代类型差别不大，其起源必然可追溯到更早的时期。翼手目可能和灵长目共同起源于类似食虫目的最原始的真兽类，二者可以置于同一个总目。
翼手目可以分成两个截然不同的亚目，即大蝙蝠亚目Megachiroptera和小蝙蝠亚目Microchiroptera，这两个亚目可能有不同的起源，大蝙蝠亚目和灵长目有非常近的亲缘关系，小蝙蝠可能和食虫目关系更加密切。这两个亚目虽然分别称为大蝙蝠亚目和小蝙蝠亚目，二者也分别统称为食果蝠和食虫蝠，但是这也只反映了一般情况，小蝙蝠亚目中体型较大的成员比大蝙蝠亚目中体型较小的成员体型要更大些，大蝙蝠亚目除了食果实外也有一些是花蜜的成员，小蝙蝠亚目中除了食虫以外还有食肉、食鱼的成员，也有和大蝙蝠亚目食性相同的成员。
大蝙蝠亚目和小蝙蝠亚目一个比较显著的区别在于大蝙蝠亚目的成员通常视力较好，眼睛较大，主要依靠视觉来辨认物体，小蝙蝠亚目通常视力退化，眼睛小，主要依靠声纳来辨认物体，其中不少成员面部有一些增加声纳接收能力的结构，如鼻叶、脸上的皱褶和复杂的大耳朵等，这些结构使蝙蝠形成多种多样的鬼脸。
大蝙蝠亚目仅包括狐蝠科Pteropodidae，分布于旧大陆热带、亚热带地区。其它科均属于小蝙蝠亚目，分布遍及翼手目的全部分布范围。小蝙蝠亚目由于种类繁多，其科的划分和科之间的亲缘关系争议较大。翼手目中有不少社会性很强的种类，常结成大规模的群体，有些大的蝙蝠群可以说是世界上最大的兽群。
翼手目 大蝙蝠亚目 狐蝠科Pteropodidae 狐蝠科Pteropodidae成员以大眼睛、短尾或无尾、耳朵结构简单、口鼻部较长为特征，分布于旧大陆热带、亚热带地区，总数超过160种，以东南亚和非洲种类最多。狐蝠科成员的总体外形多比较接近，但体型差距很大，其中一些最大型的成员如狐蝠属Pteropus的大型种类体长超过40厘米，翼展科超过1.5米，体重超过1公斤；
而小型的无花果果蝠属Syconycteris的成员体长仅5~7厘米，翼展不到15厘米，体重不及20克。
二者虽然大小差别甚大，但无花果果蝠看上去颇似小型的狐蝠。狐蝠科也有少数相貌比较特殊的成员，如非洲的垂头果蝠Hypsignathus monstrosus口鼻部膨大看似锤子，分布于西太平洋诸岛的背囊果蝠Notopteris macdonaldi有不同与其它果蝠的较长的尾。狐蝠科成员均为植食性，其中大型的种类多以果实为食，小型种类主要食花蜜。 小蝙蝠亚目鞘尾蝠科Emballonuridae 鞘尾蝠科Emballonuridae包括近50种中小型蝙蝠，广布于世界热带、亚热带地区。
鞘尾蝠科的主要特征是无鼻叶，尾巴部分被尾膜包裹而尾尖突出在尾膜上。鞘尾蝠科的部分成员喉部有可以分泌芳香分泌物的小囊，用以吸引异性。鞘尾蝠科适应多种不同生活环境，但是一般不远离树木，主要食昆虫，有时也食果实作为补充。
鼠尾蝠科Rhinopomatidae 鼠尾蝠科Rhinopomatidae有1属3种，分布于亚洲南部到非洲北部一带，为无鼻叶的中小型的蝙蝠。鼠尾蝠科成员最显著的特征是有非常长的尾巴，是所有蝙蝠中尾巴最长的，几乎和身体等长。
鼠尾蝠科成员常成群居住在建筑物上，在埃及，蝙蝠群大概从金字塔建成之时起就已经将金字塔作为家园了。鼠尾蝠完全为食虫性，比较适应干旱和半干旱的环境。混合蝠科Craseonycteridae 混合蝠科Craseonycteridae仅以混合蝠Craseonycteris thonglongyai一种为代表。混合蝠于1973年发现于泰国西部，又称猪鼻蝠、蝴蝶蝠，是已知最小的哺乳动物，体长仅3厘米左右，体重不到2克。混合蝠口鼻部略似猪鼻，没有鼻叶，耳朵大而有隆起的耳屏，没有尾巴。
混合蝠白天居住在洞穴中，夜间出来捕食叶子上的昆虫和其它小型无脊椎动物，微小的身体使它们在茂密的树丛和竹丛间能自由穿梭。裂颜蝠科Craseonycteridae 裂颜蝠科Craseonycteridae包括十多种分布于非洲和亚洲东南部到西南部的蝙蝠。
裂颜蝠以脸侧有一对裂缝而得名，这个裂缝科可能是帮助接收声纳的结构。裂颜蝠有鼻叶，耳朵大而有小的耳屏，两耳在基部相连。裂颜蝠最独特的地方是尾巴的末端有一个T字形的尾骨，与尾膜相连。裂颜蝠食多种无脊椎动物，既在树上捕食也在地面捕食，尤其喜欢食蝎子，居住在山洞、树洞甚至其它动物遗弃的洞穴中。巨耳蝠科Megadermatidae 巨耳蝠科Megadermatidae是分布于旧大陆热带地区的大中型蝙蝠。巨耳蝠由于有似吸血蝠般锋利的牙齿而又称假吸血蝠，实际上它们不是吸血性而是食肉性的蝙蝠，而旧大陆没有真正的吸血蝠，在新大陆有另一种假吸血蝠，实际上也是肉食性蝙蝠。
巨耳蝠科成员耳大而在基部相连，耳屏显著，并有竖直的鼻叶，尾短或无尾。巨耳蝠科成员食性比较广泛，主食大型昆虫和小型无脊椎动物，甚至捕食其它的蝙蝠。其中大耳蝠Macroderma gigas或称澳洲假吸血蝠翼展达50~60厘米，是旧大陆小蝙蝠亚目中体型最大的成员。
菊头蝠科Rhinolophidae 菊头蝠科Rhinolophidae是分布于旧大陆的小型到较大型蝙蝠。菊头蝠因有结构比较复杂的马蹄形鼻叶而得名，从鼻孔而非从嘴中发出声纳，耳朵较大但没有耳屏。
菊头蝠主要生活于热带和亚热带地区，少数分布于温带地区，分布在温带地区的菊头蝠在冬季要冬眠。蹄蝠科Hipposideridae 蹄蝠科Hipposideridae是个与菊头蝠科非常相似的科，现多被并入菊头蝠科，成为仅次于蝙蝠科、狐蝠科和叶口蝠科的第四大科。
蹄蝠科分布于旧大陆热带、亚热带地区，体型从微小到较大。蹄蝠和菊头蝠一样有马蹄形的鼻叶，但是鼻叶上没有菊头蝠那样复杂的结构，耳朵大小中等，和菊头蝠一样没有耳屏。蹄蝠食多种多样的昆虫，常在洞穴中结成大群。有些蹄蝠适应在人类的生活居住地区活动，数量非常多，能捕食大量害虫。
叶口蝠科Phyllostomatidae 叶口蝠科Phyllostomatidae是特产于拉丁美洲的大科，因有发达的鼻叶而得名，和旧大陆的菊头蝠与蹄蝠相对应。叶口蝠科成员的耳朵大小不一，均有耳屏。叶口蝠科的成员无论从体型还是习性上都非常多样化，除了小型食虫性蝙蝠之外，也有体型非常大的肉食性成员、食果实或花蜜的成员甚至吸血的成员。
吸血蝠亚科Desmodontinae的3种吸血蝠有时也单列为吸血蝠科Desmodontidae，是蝙蝠乃至陆生脊椎动物中仅有的吸血的成员。吸血蝠常在地面用四肢行走，栖灵活性不亚于髭蝠。叶口蝠科中体型最大的成员是假吸血蝠Vampryum spectrum，比旧大陆的假吸血蝠体型更大，翼展可达1米，是小蝙蝠亚目体型最大的成员，也是新大陆最大的蝙蝠，和旧大陆的假吸血蝠一样，均可以捕食较大的猎物。叶口蝠科有多种食果实和花蜜的成员，拉丁美洲的不少植物依靠它们来授粉和传播种子。
兔唇蝠科Noctilionidae 兔唇蝠科Noctilionidae是分布于拉丁美洲的强壮蝙蝠，共两种。兔唇蝠Noctilio leporinus又称猛犬蝠，食鱼蝠，以食鱼著称，是仅有的以鱼为主食的蝙蝠。兔唇蝠口鼻部尖而没有鼻叶，耳朵大而有小的耳屏，爪子锋利，可以抓住长达10厘米的小鱼，也能用爪子捕捉昆虫。
妖面蝠科Mormoopidae 妖面蝠科Mormoopidae包括2种妖面蝠和6种裸背蝠，为中小型的蝙蝠，分布于美国亚利桑那州到巴西之间。妖面蝠科没有鼻叶，但是唇和颊有复杂的皮褶，下唇似盘状膨大，耳朵很大并有复杂的耳屏。妖面蝠科为食虫性，其嘴部结构可能有助于捕食昆虫，喜群居，常在洞穴中结成大群。
髭蝠科Mystacinidae 髭蝠科Mystacinidae仅分布于新西兰，原本有两种，一种已经灭绝。髭蝠Mystacina tuberculata又称新西兰无尾蝠，其主要特征是嘴上有浓密的触须，尾部短，耳朵大，耳屏长而狭窄。髭蝠是所有蝙蝠中最常在地面活动的，可以灵活的用四肢在地面行走，捕食地面上的昆虫，可能也食果实和花蜜。髭蝠科原本认为和蝙蝠科亲缘关系比较接近，较新的研究表明其可能和叶口蝠科关系更加接近，或者是和蝙蝠、叶口蝠并列的一大类
。筒耳蝠科Natalidae 筒耳蝠科Natalidae是分布于拉丁美洲的一个小科。筒耳蝠科成员体长仅3~5.5厘米，耳朵大而呈漏斗型，有厚和弯曲得耳屏，两鼻孔接近，没有鼻叶。筒耳蝠科四肢和尾均细长，尾被尾膜所包裹。雄蝠额头上有一个鳞茎状的分泌腺，其功能不明。筒耳蝠科全部成员均为食虫性，居住在多岩洞地区。
狂翼蝠科Furipteridae 狂翼蝠科Furipteridae是仅含两种的小科，分布于中美洲到南美洲西北部。狂翼蝠又称无拇指蝠，拇指退化而包裹在翼膜中。狂翼蝠没有鼻叶，耳朵呈漏斗状，有小的耳屏。狂翼蝠科成员体长约4~6厘米，食虫性，居住在岩洞中。
盘翼蝠科Thyropteridae 盘翼蝠科Thyropteridae是仅含两种的小科，分布于拉丁美洲从墨西哥南部到巴西一带。盘翼蝠科最显著的特点是拇指和脚踝处各有一个吸盘，这些吸盘可以用来吸附光滑的树叶和树干。狂翼蝠没有鼻叶，耳朵呈漏斗状并有大的耳屏。盘翼蝠科体长仅3.4~5厘米，栖息于卷曲的树叶中。
吸盘足蝠科Myzopodidae 吸盘足蝠科Myzopodidae仅包括吸盘足蝠Meaopoda aurita一种，特产于马达加斯加岛，也是蝙蝠中仅有的两个分布限于一个岛的科之一。吸盘足蝠科和盘翼蝠科一样，拇指和脚侧处各有一个吸盘，其生活方式也和盘翼蝠科相似。吸盘足蝠比盘翼蝠体型略大，耳朵和尾巴均长，耳屏方型，和耳朵前缘相融合。
蝙蝠科Vespertilionidae 蝙蝠科Vespertilionidae是翼手目最大的一科，多达350种左右，几乎遍及翼手目的全部范围。蝙蝠科成员体型从微小到较大，有小到大的耳屏，无鼻叶但有些种类有褶皱，尾巴通常被尾膜包裹。蝙蝠科绝大多数种类为食虫性，也有一两种为食鱼性。蝙蝠科成员适应多种不同的生存环境，其中分布于较寒冷地区的种类有冬眠或者迁徙的习性，在这些地区，绝大多数翼手目的成员均属于蝙蝠科。
蝙蝠科的一些成员比较适应人类的居民区，在建筑物中居住。犬吻蝠科Molossidae 犬吻蝠科Molossidae是广布于热带、亚热带地区的较大的科，少数种类科分布到温带地区。犬吻蝠科成员体型从微小到很大，吻宽阔，有些种类嘴唇有褶皱，没有鼻叶。犬吻蝠科成员尾部较长，部分尾巴露在尾膜之外，略似鼠尾。犬吻蝠科成员翅膀扇动频率比其它多数蝙蝠更快，飞行迅速。多数种类高度群居性，结成大群居住在岩洞、树洞甚至建筑物中。
