古代中国人在防治瘟疫方面也是非常有智慧的，在积极预防和救治方面也是很有成效的。
一是历史上许多医家名家发挥了很大的作用。历史上曾有“不为将相，偏为良医”的抗防治瘟疫名医，也是他们推动了中国医药学的发展。如东汉时期的医圣张仲景就是以治疗“伤寒”病成名的，他的著作《伤寒论》有对多种传染性疾病不同时期的治疗方法，书中的方药至今沿用。神医华佗用青嫩茵陈蒿草治疗流行性“黄胆病”的疗法，后来民间流传“三月青蒿能治病，五月六月当柴烧”。现代研究从新鲜青蒿中分离出青蒿素（artemisinin），成为一个治疗疟疾的新药。明代的李时珍，清代的叶天士，晚清的吴瑭（吴鞠通）等医学家都为治疗瘟疫作出过重大贡献。吴瑭推荐的治疗瘟疫后期症状的安宫牛黄丸、至宝丹、紫雪丹现在仍然在临床使用，称为治疗瘟疫的三宝。
二是通过接种减毒疫苗，减少了很大灾害。中国医学家早在公元980-1567年间就发明了人痘接种术，既用天花病人身上痘疹疱里的痘浆、痘疮结痂、或是用天花病人穿过的沾有天花痘浆和痘疹的衣服，去感染未患过天花的人。
三是官方组织的抗疫活动，在历史上发挥了巨大作用。如汉代的文帝，元帝和成帝，东汉的恒帝等都下过有关瘟疫的自责诏书。汉代帝王还曾下令官员减少吃喝玩乐，削减马匹坐骑，用于救援染瘟疫的灾民。宋朝其间，瘟疫发病时政府组织医生为患者义诊，药费由政府支出。从汉代起，就有官方为疫区和患者免费提供医药的记载，以后各朝各代都如此效仿，几乎成为官府朝廷抗疫的惯例。 四是设立隔离病坊，阻止疾病传播，也起到了很好的作用。中国古代医家很早就认识到一些瘟疫病的传染性，并发现隔离具有传染性的病人是必要的预防措施。考古发现，在汉代中国就有“病迁坊”设施，用来隔离麻风病人。唐朝时，还有佛教会设立的“病人坊”用于隔离麻风病人，内有僧人为患者治病，相当现代的慈善机构。武则天时期，改称为“悲田养病坊”，由政府出面管理。可见古代人很早就开使用隔离的方法，切断瘟疫的传染源，阻止疾病的传播。 五是建立防疫管理，设立边境检疫。控制瘟疫的一个重要环节是建立完善的国家防疫管理系统，并建立边境检疫制度以控制国际间的传播。湖北出土文物《封诊式》竹简中记载了在战国时期就有逐级报告传染病和对可疑病例调查的制度。宋太祖时规定，所有被派往到边塞的将官，都要带随行医官负责防疫和健康。元朝设立了民间的医户制度，医户是政府许可能从事医疗活动的民户，户籍由太医院管理，一旦发生瘟疫，医户要参加治疗。
五是普及防疫常识，加强医学教育。两千多年前成书的《黄帝内经素问》以对话的形式讲述了很多预防疾病的常识和方法。唐朝的太医院相当于国立医院，设有医学、针灸、按摩等学科，另外还有地方的医学教育机构培养医生和防疫人员。当时还把瘟疫的预防知识和简单的药方刻录在石板上，放置于病坊、村坊和路边，以示民众，供紧急情况时使用。南宋时期中国创办了最早的官立医科学校，培养各科医生。各朝代都对以前的医学药学书籍进行过整理和研究。秦朝下令焚书时，医药书籍例外，保存了下来。
