南京航空航天大学更强。南京航空航天大学是新中国自己创办的第一批航空高等院校之一，是211高校与“985工程优势学科创新平台”重点建设高校、双一流学科建设和学校建设高校，特别是在航空航天领域更是发展势头迅猛。重庆大学虽也是双一流高校，但无论是师资力量、社会影响力还是未来发展潜力都无法与南航相比。
重庆大学和南京航空航天大学比较，两所大学都很强都是好院校各有千秋，重庆大学是985国家重点院校，重庆大学是一所文理工科综合性大学，南京航空航天大学是211工程重点大学，南京航空航天大学是一所以理工科为重点的大学，是我国航空航天领域工程师的摇篮，所以说这两所大学都是很优秀的院校。
