商调函和调档函是两种不同的函件，它们之间的区别如下：
1. 定义不同：商调函是指企业或机构内部进行人员调动时，由人事部门或上级主管部门发出通知的函件。而调档函则是指在人员调动过程中，向原单位索取该员工档案资料的函件。
2. 目的不同：商调函的主要目的是通知企业或机构内部的人员调动情况，以确保人力资源的合理调配。而调档函的主要目的是为了在人员调动过程中，及时了解该员工的工作经历、学历、资格证书等情况，以便对其进行合理安排。
3. 内容不同：商调函通常包括人员调动的原因、时间、地点、职务等信息，同时也会注明人事部门或上级主管部门的联系方式。而调档函通常包括索取档案的原因、时间、档案资料清单等信息，同时也会注明索取方的联系方式。
综上所述，商调函和调档函在定义、目的和内容等方面存在明显的区别，正确理解和使用这两种函件对于企业和机构的人力资源管理和人员调动具有重要意义。
