1、管理范围不同漕运总督是负责全国的漕运事务。河道总督负责黄、淮、运一带的河道治理。
2、职责不同漕运总督总管运粮事务，通过水路，包括河流跟大海，把粮食运到京城或其他地区；督促南方各省经运河输送粮食至京师。除此之外，漕运总督还要管理地方行政事务，各省的督粮道，都隶属于漕运总督。有时还要兼管海防事务。河道总督掌管黄河、京杭大运河及永定河堤防、疏浚等事，管辖河流的防治工作。
3、权限范围不同漕运总督可以兼管河道，但河道总督不能管理漕运。明初刚设漕运总督时，还“兼管河道”，即兼管运河、黄河等河道的治理。后来有了专管河道的总督，就不再兼了，但是遇到河漕有了争执，还是经常由漕督兼管河道。清代也是这样，凡河道总督缺裁时，常由漕运总督兼任。
