犬的肠管分为小肠和大肠两种。小肠包括十二指肠、空肠和回肠等3段。平均长约4米。小肠具有运动、分泌和吸收的功能，是食物消化和吸收的主要部位。犬的小肠较短，小肠黏膜表面形成许多皱襞和密集簇生的绒毛。在各种家畜中，犬的小肠黏膜的绒毛最长，扩大了吸收面积。小肠内除含有本身腺体分泌液体外，还含有分别来自肝脏和胰腺的胆汁和胰液。因此，小肠液含有种类全、数量多的消化酶，消化能力极强。食物进入小肠后，通过小肠的运动，将食物和小肠液充分混合，食物在小肠液的作用下被分解和消化。犬的小肠壁厚，吸收能力强，具有典型的肉食动物特征。蛋白质、脂肪、糖类、微生素、铁、钙等物质主要在小肠内被消化吸收。
大肠包括盲肠、结肠和直肠，其主要机能是消化纤维素，吸收水分，形成和排除粪便等。肛门是消化道的末端，在肛门的两侧有特殊的小的分泌腺囊——肛门囊，肛门周围还有很多腺体——肛门周围腺，这些是犬、猫特有的，但是这些部位易于发生炎症，特别要注意。
犬的肠道短于草食动物，食物通过肠道的时间也较短（约为16～20小时），加上咀嚼不充分。因此，犬对粗纤维的消化能力差，给犬喂蔬菜等含纤维较多的食物时，一定要切碎、煮熟。
