EM菌原液保质期6个月，若保管得好(未开瓶)，或者不发生异味，6个月以后仍可一直使用，只是活性有所降低，须适当加大用量。
EM菌原液为酸味略带醇甜香的褐色半透明液体，若底部稍混浊及上部浮有少量白色物质均属正常。如气味变化(不酸或异味)即为变质，人畜不能用。必须注意初开瓶时气味。用后应立即盖紧瓶盖，保持密闭。
EM菌原液应存放避光凉爽的地方，它的适宜温度为5℃-45℃，超出这个温度，有些菌种的活动会受影响，应适当增加用量。
因为它是一种共生菌，里面的菌种互相给对方营养，所以可以长期保存。但超过一年菌种活性降低，施入土壤后没有竞争力，会很快死掉没有菌群优势。
