第一、净化水质。现在的养殖密度越来越大，饲料、粪便堆积，水体中氨氮、硫化氢、亚硝酸盐就会增多，毒害水产养殖动物。
第二、饲料添加剂。光合细菌培养液蛋白质含量高，并且含有丰富的维生素，相当于是高营养品。将其添加在饲料中，能够降低饵料系数，提高饲料的利用率
三、提高免疫力。研究表明，光合细菌含有多种免疫促进因子以及看病毒因子，能够提高水产养殖动物的免疫力，增强抗病能力，促进水产养殖动物的健康生长，能够起到良好的疾病预防作用。
第四、开口料。对于刚出生的水产养殖动物幼体来说，合适的开口料，能够大大提高其成活率（有的幼体死亡率很高，如虾、泥鳅等）。并且，光合细菌营养丰富，很作为开口料。
使用光合细菌可以促进水质的改善，增强水体中的活性物质含量，提高水质的透明度。同时，光合细菌可以合成有机物，增加养分和微生物的数量，对生态系统起到良好的调节作用。
此外，光合细菌还可以有效地减少氨氮、亚硝酸盐和硝酸盐等化学物质的含量，从而有效地控制水体中的有害物质，提高水产养殖的产量和质量。
