模式1：三会一班模式，实行管理委员会领导下的研究机构院长负责制。研究院设立“三会一班”，分别为管理委员会、理事会、专家咨询委员会和政府及园区专班，共同负责研究院的运行，实行管理委员会领导下的研究院院长负责制。创新平台采用项目小组式研发模式，以市场创新需求为导向，以独立法人公司形式运行。
模式2：理事会领导下院长负责制。理事会是决策机构，下设评估委员会和审计委员会，并按照相关规定设立党组织。理事会领导下的院长负责制的矩阵式组织架构模式能够快速响应创新需求，整合创新要素资源，发挥创新主体的快速协同，实现创新资源和市场资源有效整合和衔接，最大限度发挥新型创新组织架构的优势。
新型研发机构的这些多元化特征要求组织架构和运营模式必须与之匹配才能最大的发挥全局创新优势。
