棘皮动物的起源说有两种主要观点：一是拟源说，即认为棘皮动物起源于一个有柔毛的共同祖先；二是口源说，即认为棘皮动物与其他动物门类似，起源于一个有口腔和消化道的共同祖先。
拟源说的依据主要是棘皮动物胚胎发育过程中的形态学和分子生物学证据。棘皮动物的胚胎在发育早期有一种叫做双射胚胎的特殊形态，它具有两个胚层：外胚层和内胚层。同样，其他有柔毛的动物，如扁形动物和环节动物，也具有类似的双层胚胎。这一特点被认为是它们有一个共同的祖先的证据。
口源说的依据则是棘皮动物和其他动物之间的形态和分子遗传学相似性。棘皮动物与脊椎动物和节肢动物等有很多相似之处，包括身体结构和发育过程。此外，分子遗传学的研究也发现了棘皮动物与其他动物之间的遗传关系，支持了它们起源于一个共同祖先的假设。
总的来说，棘皮动物的起源是一个复杂的问题，目前还没有达成一致的观点。拟源说和口源说都有其支持者和反对者，未来的研究仍需进一步证实和探索。
棘皮动物化石早在寒武纪地层里就有发现，而直到今天，棘皮动物仍然很繁盛。
科学家统计发现，现生棘皮动物和化石棘皮动物总共有大约2万种，大约占所有动物总数的2%。其中，现生的棘皮动物有大约5千种。在化石棘皮动物中，海百合类与海胆类化石较多，海星类化石较少。科学家把棘皮动物分成4个亚门：海胆亚门、海扁果亚门、海百合亚门和海星亚门。其中，海胆亚门包括7个纲：海旋板纲、海座星纲、海蛇函纲、海蒲团纲、海盘囊纲、海参纲和海胆纲；海扁果亚门包括3个纲：海桩纲、海笔纲和海箭纲；海百合亚门包括8个纲：始海百合纲、海林檎纲、拟海百合纲、垫海蕾纲、拟海蕾纲、海蕾纲、鳞海林檎纲和海百合纲；海星亚门只有一个纲：海星纲。棘皮动物显然有一个极长的进化历史，因为早在早古生代初期，大量结构复杂的棘皮动物已经出现，这足以证明棘皮动物起源的时间应该在寒武纪之前。到了寒武纪早期开始的时候，海旋板类、海座星类和始海百合类开始出现；随后海蒲团类和鳞海林檎类也出现了；寒武纪晚期到奥陶纪早期的时候出现了海箭类、海百合类、海星类和海蛇函类；到了奥陶纪中期至晚期，棘皮动物的所有其它类别如海蕾类等全部出现了。在那以后直到今天的漫长岁月里，再也没有发现新的棘皮动物纲，反而，棘皮动物的多数纲在古生代结束的时候都灭绝了，只有少数的纲进入了中生代并繁衍到现代。
