灵隐寺门票99和45的区别在于所游览的景区区域不同。具体来说：
- 99元门票：灵隐寺的全景区门票，可参观主要的寺庙建筑、佛像、庭院和园林等景点，感受灵隐寺的宗教氛围和历史文化。
- 45元门票：灵隐寺的部分景区门票，只包含了部分景点和观光区域。一般来说，45元门票可能会限制参观的景点数量或者范围，相比于99元门票，覆盖的景点较少。
因此，如果想全面地参观灵隐寺的所有景点，建议购买99元门票；如果时间有限或者只对部分景点感兴趣，可以选择45元门票。但具体门票价格和景点范围可能会有变动，请在前往之前确认最新信息。
回答如下，灵隐寺门票九十九包含的内容更多，例如可以进得到灵隐寺主持的祈福，可以进香祈福，而四十五分门票只能在灵隐寺院子里面参观
