1、制作的过程完全不同。红曲粉是由大米经过足够的发酵而来的，是红曲霉菌的功劳。红曲红是通过酒精从红曲米或者红曲的溶液中提取出来的。
2、着色上的差异。红曲红经过紫外线灯照射之后很容易褪色。对红曲米来说，很少出现褪色的问题，它在抗氧化性上是非常好的。
3、从本质来讲的话红曲红是单一的色素，和红曲米是完全不能相比的。在品质和使用效果上红曲红都是和红曲有很大的差距。毕竟在红曲米中含有大量的复合物和蛋白酶等物质，在菜肴当中不仅能在色泽上起到点睛的作用还能有很好增加香味的能力。而且红曲米本身是一种效果非常好的防腐剂，这些性能都是红曲红所不具备的。
概念不同，红曲红指的是红曲米用乙醇抽提得到的液体红曲色素酶的深层培养液中提取的结晶精制得到的产物。
红曲粉是一种天然的红色素，红曲是用糯米蒸制后接种红曲菌种发酵繁殖的，产品是发酵后的暗红色糯米晶米碎后成为红曲粉。
应用领域不同：红曲红作为一种色调，自然亮鲜，而且安全稳定，具有一定医疗保健功效做设计。
红曲粉可用于烧菜染色，如江苏名菜，樱桃肉无锡排骨的制作还可以用于烧腊、酱卤食品。
