指代不同、引证不同、侧重点不同。
一、指代不同
1、根本原因：事物的根源或最重要的部分。
2、主要原因：有关事物中最重要的；起决定作用的。
二、引证不同
1、根本原因：鲁迅《南腔北调集》：“事物发展的根本原因，不是在事物的外部而是在事物的内部，在于事物内部的矛盾性。”
2、主要原因：蔡元培《对于学生的希望》：“一个王朝之所以覆灭衰败的结果，绝非单独事件所造成的，不过历史学者和史评家们常常挑出某些特定的事件，认为它们是导致旧朝代灭亡的主要原因。”
“根本原因”是引起事物发展变化的潜在的、深层次的、不以人的主观意志为转移的、比较持久的、内在的、本质的、必然的因素。
“主要原因”是指一定历史条件下导致该事件发生的诸多现实的、具体的因素中起决定作用或决定性作用的原因。
两者的区别在于“根本原因”在语言表达较为抽象，分析时一般可从人类社会的基本矛盾、社会存在与社会意识的关系、内因和外因的关系、历史事件或政权的性质（或阶级本质）等方面入手；“主要原因”在语言表达上较为具体，分析时一般从具体史实入手，通过对多种因素不同作用或地位的认真比较得出正确结论。
应当指出的是有些“最主要原因”与“根本原因”并没有实质上的不同，其区别在于，“根本原因”是从原因的性质上说明其重要性，“最主要原因”是从原因的地位重要性来确定的。
