出征仪式后,三位航天员由骑警驾驶摩托车护卫飞行乘组乘车前往发射塔架。到达发射塔架后,他们搭乘电梯上到塔架九层平台的神舟十二号飞船舱口的位置。
完成进舱准备后,第一个航天员首先从轨道舱进入到返回舱,坐在了左手边的座位上。随后第二个航天员进入返回舱,坐在了右手边的位置上。整个的入舱过程中,航天员非常小心,互相也有一些搀扶的动作,这一方面是要保证航天员的安全,另一方面也是要保护飞船内的设备。指令长航天员最后一个开始入舱,他在进入轨道舱后,并没有直接进入返回舱,而是开始对轨道舱进行检查。轨道舱检查完毕后,聂海胜进入返回舱,坐在了中间的指令长位置。
三名航天员进舱就位之后,还将有一系列的准备工作,准备完成之后,载人飞船将等待窗口时间后发射。