故宫不仅仅只是明清两朝的皇宫，元朝皇宫大内的位置也与故宫高度重叠，明清紫禁城的位置比元朝皇宫大内的位置偏南。
比如现在的太和殿（明朝称奉天殿）坐落于元朝皇宫的崇天门（皇宫正门，相当于故宫的午门）位置上；现在的景山在元朝时期还是皇宫的一部分，当时景山下建有延春阁，是元朝皇后的寝宫。总体而言，明清紫禁城的大部分与元朝皇宫位置高度重合，尤其是中轴线没有任何变化。也就是说，元朝皇宫其实就在紫禁城的下面。
许多人都知道，北京被称为五朝古都，也就是说有五个朝代将国都或陪都选在了北京。这五个朝代分别是：辽朝、金朝、元朝、明朝、清朝。因此在北京城中自然就留下了许多关于这五个朝代的历史印记。我们都知道如今的故宫在古代称为紫禁城，是明清两朝的皇宫。可是随着故宫考古发掘工作的深入，专家们发现原来故宫不仅仅只是明清两朝的皇宫，元朝皇宫大内的位置也与故宫高度重叠。
