两者均可预防传染性疾病的发生，但在生产技术及接种时间上存在一定区别：
一、生产技术区别：
1、2针剂疫苗：灭活疫苗通过病毒在细胞中培养增殖，再通过灭活、纯化而制成。该类疫苗的成分与结构与天然病毒相似，能够保留病毒的免疫原性，产生的免疫反应较好，且副作用少；
2、3针剂疫苗：重组蛋白疫苗则通过基因工程技术，重组病毒结构蛋白，从而制成疫苗。生产重组疫苗不需要完整病毒，对人体更安全。因重组蛋白疫苗含病毒的组分较少，通常需接种3针。
二、接种时间区别：
1、2针剂疫苗：2剂之间接种时间应≥21天，第2剂需在第1针接种后8周内完成；
2、3针剂疫苗：分别于0、1、2月，每人每次接种1剂本品，全程共接种3剂，3针需在6个月内接种完成。
此外，建议患者选择接种同一企业同一生产技术的疫苗，避免疫苗混合使用，产生不良反应。如遇到特殊情况，可选择不同企业同一生产技术的疫苗代替。
两针型是两针型而三针型是三针型。
