黄耳龟可以在深水里养，但不是必须用深水养。它们是深水龟，但是也不能在太深的水里喂养，水太深反而容易让黄耳龟死亡。养黄耳龟的水深最好是超过龟背一部分或与龟背垂直，水质也要优良。
正常来说，幼年时期的水位需要控制在背甲以下。因为幼年时间它们对环境的要求较高，而且适应能力较差，所以饲养者需要用较浅的水位。
黄耳龟出生半年到一年的时间就可以深水养了，因为此时它们的体型已经达到5-7厘米，而且对环境的适应能力也变强了，所以深水饲养不会对它们的健康和生命造成影响。虽然此时它们可以放在深水中饲养，但是水位也不能太深。因为它们需要定期浮到水面上换气，所以饲养者可以随着它们体型的变化而逐渐增加水位。
