饿了么超时罚款的计算方法是根据商家订单的预计完成时间和实际完成时间之间的差距来确定。如果商家在预计完成时间之后仍未完成订单，则会被罚款。罚款金额根据订单金额的百分比计算，具体罚款比例根据商家的等级和餐饮品类不同而有所不同。通常情况下，罚款比例为订单金额的10%至20%不等。商家需要注意及时处理订单，避免超时罚款影响其商业信誉和利润。
饿了么送达超时10分钟，将扣除骑手本单配送费的50%，成长分扣20分，对扣分情况表示不满的可以24小时内进行申诉，这个规则适用于即时外卖单。
预订单的超时扣款规则又不一样。如果骑手超时送达10分钟以上，将扣除本单配送费的80%，成长分扣20分。刚好10分钟，将扣除本单配送的40%，成长分扣20分。
