在自然界中，存在着发光物质和放射性物质，如果这些物质的微细颗粒进入贝体，贝体受到这些异物的刺激作用后，则会崩发出珍珠质并沉积而形成珍珠将这些异物包裹起来，而层复一层地增殖壮大。珍珠质是具有半透光性质的霰石日薄西山体。因此，可使进入物质的发光现象透析出来。这种珍珠便称为夜明珠。
在自然界中，有许多矿物和岩石都能发光。如萤石发光，其原因是因为在萤石万分中，混入有硫化砷；钻石能发光，是因为在钻石中混入了碳氢化合物；磷灰石或磷块岩能发光，是因为其成分中含有磷质。它们在白天以太阳曝晒，发生“激化”，到晚上就会释放出能量来，变成美丽的蓝花或蓝色亮光。
放射性物质在自然界中普遍存在，特别是在许多的矿物中，都含有较高的放射性物质。如果有含放射性的矿物颗粒随着水流进入到蚌体中，则能形成散发出一种清鲜的寒光的夜明珠。
天然的夜明珠在自然界中产出的几率极少。因为由这些具有发光性能的小颗粒进入蚌体中的机率很少，即使有它的进入，还不能在蚌体内形成夜明珠，而必须随着进入蚌体的异物带进少许套膜上的珍珠分泌细胞，才具备了形成夜明珠的基本条件。世界上现存的数颗夜明珠，已成为无价之宝，是万物之珍品。
