1384年钟楼始建时，位置在今天的西大街、广济街口。搬迁新址后，钟楼整体向东搬迁了约一千米。 此次搬迁是一次原件原样的整体迁移，而搬迁的原因在《钟楼碑》上有记载:因为明代建钟楼时囿于习惯心理，位置选在了唐长安城的中轴线上。
近二百年后，由于城市中心的东移，以及城门的改建，钟楼显得日益偏离城市中心。
于是，明神宗在1582年决定由陕西巡抚龚俄贤负责，对钟楼进行整体搬迁。此次迁移除重建基座外，木质结构的楼体全部是原样原件。
在钟楼建成以后的200年里，由于当时的西安城不断扩建，钟楼的位置逐渐偏离城市中心，所以明万历九年（公元1581年- 1582年）决定将钟楼整体东迁1000米。
陕西巡抚龚懋贤命咸宁、长安二县令主持整体东迁工程，征用5000工匠夜以继日赶工。将钟楼的基座在新址予以重新砌筑，然后将钟楼这座整体以砖木结构为主的建筑楼体，全部从原楼拆卸标记，原件整体迁移，按构件原样全部重新安装，未做任何改动，完全保留了移动前明代初期的建筑风格。
