区别是人工系统受人的影响，自然生态系统不受人为因素影响。
人工生态系统是由自然环境（包括生物和非生物因素）、社会环境（包括政治、经济、法律等）和人类（包括生活和生产活动）三部分组成的网络结构.人类在系统中既是消费者又是主宰者,人类的生产、生活活动必须遵循生态规律和经济规律,才能维持系统的稳定和发展.
自然生态系统是在一定时间和空间范围内,依靠自然调节能力维持的相对稳定的生态系统.如原始森林、海洋等.由于人类的强大作用,绝对未受人类干扰的生态系统已经没有了.自然生态系统可以分为：①水生生态系统：以水为基质的生态系统；②陆生生态系统：以陆地土壤或母质等为基质的生态系统.
