在发病前期，使用多菌灵溶液灌根，可以控制茎腐病的发生。在发病初期，使用广谱杀菌剂百菌清叶面喷雾和灌根，有很如的疗效。还可以使用代森锰锌、甲基托布津、甲霜锰锌、福美双等等药剂叶片喷雾和灌根，每周坚持一次，连续3～4次，就会使病症消失。在发病初期使用，效果良好。
在发病中期，芦茎组织开花褐变腐烂，使用农药效果减半。在发病后期，组织已经腐烂，叶片黄化或者枯萎，使用任何农药，基本很难恢复活性。另外，防治兰花茎腐病的发生，控制氮肥用量，合理浇水，每月使用多菌灵溶液灌根一次。
兰花得了茎腐病，需要先将兰花从花盆里里取出，清理掉根茎残留的泥土，仔细观察兰花的根系情况，将兰花根茎的腐烂部分切除。切除用的刀在完成一次切除后需要在明火上高温消毒后才能进行下一次切除，防止感染兰花根茎的伤口。
在清理完所有腐烂的根系之后，将剩下的根系浸泡在0.20%的多菌灵水溶液中半个小时，将残留在健康部位的病菌杀死，防止兰花植株再次感染病菌，使得茎腐病复发，再次威胁兰花植株的健康。
在完成消毒后，要及时处理刚才切开的伤口，防止病菌从脆弱的伤口入侵兰花。将切除用的刀在明火上灼烧10秒左右，然后将灼烧的部分贴到兰花根茎的切口烫1秒，通过高温来使伤口快速封口。
在使用灼热的刀具烫兰花根茎时，时间切忌过长，以免破坏根茎内部的细胞组织。在处理完兰花植株后，要重新使用新盆和新土，防止原来的盆土还有病菌残留，新土建议使用细颗粒树皮植料与小石子1:1混合土。
