《湄公河大案》的结局是莫雄最终被判处死刑，蒙洪因为跳崖造成重伤在医院医治，石桥被刘卫东打死，刘卫东在企图逃跑的时候被抓获，AE先生在美国没击毙，江海峰完成了中央的任务以后乘坐飞机离开云南。
在《湄公河大案》的最后莫雄刚开始不承认自己所犯下的罪名，于是江海峰像莫雄从头到尾的讲述了10·5案件的过程，使莫雄陷入了回忆当中。
江海峰在看到莫雄脸色越难看以后趁机给莫雄看了坎兰和苏沃的审讯录像，使莫雄处在崩溃边缘。高野进入审讯室后继续一点一点的击垮莫雄，最终莫雄歇斯底里的承认了自己的罪行并且在开庭的时候被法官判处了死刑，立即执行。
高野和于慧在遇难船员的照片旁贴上了郭大旗和圆圆的照片，两个人相拥而泣。江海峰在阳光中向所有办案民警敬礼致意。
