玉髓原石是由于地壳运动形成的。火山爆发时，喷发出来大量岩浆发生流动，岩浆遇到周围的地下水侵入就出现了水液交融，水遇炽热岩流形成汽液混合物;这些混合物在岩流中就形成气泡;这些气泡大小不一、稀疏不同、间距不等、形态各异、随着岩流运移气泡发生滚动，当岩浆停止流动，气泡也随之定位。此时，气泡外形也就不再变化。
玉髓形成于低温和低压条件下,出现在喷出岩的空洞、热液脉、温泉沉积物、碎屑沉积物及风化壳中。玉髓是由水中过饱和二氧化硅沉淀形成的隐晶质石英微粒组成。玉髓常常出现在火山岩出现的地方,火山活动后期随着温度的降低,岩浆携带的含有二氧化硅的水,开始充填岩石的空隙,使得二氧化硅浓缩富集发生沉淀。水蒸发后就形成了玉髓。
