至少有两大区别:
一是成份不同。福尔马林是甲醛溶液，化学式CH2O，双氧水是过氧化氢溶液，化学式H2O2 。
二是作用不同。福尔马林是医学上用来防腐的，双氧水是用于医用上的消毒。
双氧水是过氧化氢H2O2的水溶液,福尔马林是甲醛HCHO的水溶液
福尔马林化学名称是甲醛，化学式是CH2O；双氧水的化学名是过氧化氢，化学式是H2O2。
福尔马林是"甲醛″(HCHO))的水溶液，外观无色透明，具有腐蚀性，且因内含的甲醛挥发性很强，开瓶后一下子就会散发出强烈的刺鼻味道。
甲醛是碳、氢和氧的化合物，在平常的情况下是气体状态，带有强烈刺激眼膜和呼吸器官的特性 。
甲醛含量为35%至40%(一般是37%)的水溶液，也加入10%~15%的甲醇防止聚合。具有防腐、消毒和漂白的功能。不同领域有不同作用。
福尔马林有刺激性气味的无色液体。福尔马林的主要成分是甲醛，它是一种易溶于水的高刺激性有毒气体，具有易燃性及腐蚀性，在空气里一般能测出微量。在甲醛制造方面通常利用氧化甲醇的化工方法制得。甲醇氧化之后可得甲醛，而甲醛继续氧化之后可得甲酸。三者皆为毒性物质，在剂量相同的情形下，以对人体的毒性而言，毒性比为甲醇：甲醛：甲酸 = 1：30：6，即甲酸的毒性为甲醇之六倍，而甲醛的毒性为甲醇之三十倍。
