1、文凭不同
自考本科属于非全日制成人教育，是第二学历，而普通本科属于全日制统招本科文凭，是第一学历，普通本科是社会生最受认可的学历形式，但是二者都是国家承认的正规文凭，学信网上都可以查到的。
2、入学方式不同
普通本科需要参加每年6月份的高考，考试难度较大，而且面向的都是高中毕业生，而自考本科没有入学考试，是宽进严出，而且招生对象也没有明确限制，只要是中国公民都可以报考。
3、学制年限不同
普通本科一般学制都是四年，医学类的可能五年，而且是全日制学习，自考本科几年考完几年毕业，没有学制年限的要求，而且主要靠考生自学，也可以报考辅导班。
4、名额限制
自学考试没有名额限制，凡中国公民，只要有自学能力，均可参加；而普通高校的招生名额由国家教育部统一下达，高校不得随意扩大招生名额。
5、学习形式
自学考试是采取学生自学，学校助学和社会助学等多种形式学习，考试灵活，考生自主性强；而普通高校属在校教育，学生上学采取全日制的方式进行，每学期均需交纳一定数额的学费，且学生须严格按照每学期的安排进行学习和考试。
