巴彦淖尔系蒙古语 ，意为富饶的湖泊 ，曾用名河套行政区 。属于新兴城市，清代前尚未形成城市。
1954年绥远省撤销，绥远省陕坝专员公署改设为内蒙古自治区河套行政区。河套行政区人民政府设在陕坝镇，辖五原县、临河县、安北县（1958年4月撤，划入乌拉特前旗）、狼山县（1958年4月撤，划入杭锦后旗）、达拉特后旗（1958年4月撤，划入五原县）、杭锦后旗、陕坝镇（县级，1958年4月撤，划入杭锦后旗）。
清代初期，其地所在的后套地区属伊克昭盟鄂尔多斯左翼后旗、右翼后旗地。
顺治五年（1648年）设置乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗。1903年（清光绪二十九年）设五原厅，巴彦淖尔在其区域内。
