一、性质不同
1、横向课题：指企事业单位、兄弟单位委托的各类科技开发、科技服务、科学研究等方面的项目，以及政府部门非常规申报渠道下达的项目。另外，申请文件的承担单位中没有本单位署名的纵向项目，由承担单位转拨本单位的子课题或者外协经费，一般也按横向项目对待。
2、纵向课题：指上级科技主管部门或机构批准立项的各类计划(规划)、基金项目，包括：国家级、省部级以及市厅级。
二、获取难易程度不同
1、横向课题：横向课题来源很广，较容易获得，研究内容可能更贴近社会需要。2、纵向课题：纵向课题是由政府部门(或者受政府部门委托)下达的带有一定的指导性，很难获得。
三、评职认定有不同
1、横向课题：在科研评价体系中，横向课题一般不被评职称单位认可。
2、纵向课题：纵向课题常用于评职称中，即纵向课题是衡量一个单位科研水平的重要指标，横向课题在其中的权重价值就很低了。
这两个区分度很大，首先，横向课题是经费来源于企业，公司等非政府财政，而纵向课题经费是国家财政。
其次，评职称更看重纵向课题。
最后，横向课题根据企业需求来做，而纵向是根据国家规划来做。
