马肠在常温下可以存放3个月。如果想要更长期的保存，可以选择放入冷藏库内，这样能够贮存6个月。
不过，煮熟的马肠子如果放置在室温下，最好不要超过2个小时，因为时间过长可能会导致细菌滋生，从而引发食物中毒。
如果打算2、3星期内吃掉的话，而室内气温又低于摄氏20度，湿度低于60％，便可以不用放进冰箱，只要放在通爽、不被太阳直接照射的地方便可。否则就必须放在冰箱的保温层，并要将温度调校在摄氏4度左右，这样大约可贮藏3、4个月，如果放在冰格则可贮藏半年之久。腊肠、腊肉请用保鲜袋按一次食用份量封装于冰箱中，这种方法保存的时间较长，但宜早食用。如果密封或放冰箱，保存一年以上没有问题。
