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首先将水箱里的水全部放完，然后用手握住真空管来回转动，等到真空管和水箱上的密封圈松动时，往水箱里推。当真空管完全松动是，就可以将它从水箱里面拉出来了。
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将拉出的真空管里面的水倒掉，随即水垢就连同水一起出来了，真空管里面的水垢都是和水混合在一起的，和保温杯不一样，保温杯的水垢是黏贴在真空管的周围，紧接着往真空管里面倒入一些干净的水，涮干净，这样重复几次真空管就清洗干净了，依次将每支真空管都清洗干净，然后检查水箱每个真空管上的密封圈是不是完整无缺，假如有损坏的，应更换新的密封圈，以防止水箱里的水从真空管密封圈处渗漏。
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接下来将水箱装满水，当真空管处流出水后，这时再一一将真空管装置到水箱上，清洁水垢的工作就算完成了。要定期清洗太阳能热水器里面的水垢，通常要按照当地的水质情况决定，不用过于经常的清洗。
